Con su fichaje por el equipo Minardi Asiatech en 2002, Mark Webber se convirtió en el primer piloto australiano que participaba en el Campeonato del Mundo de Fórmula Uno desde David Brabham. Con 18 años, dejó Australia para viajar a Europa y continuar con su carrera automovilística, que había iniciado poco antes en Kart y en Fórmula Ford. En su primera participación en Inglaterra, fue tercero en la Fórmula Ford Festival de Brands-Hatch, carrera que ganaría al año siguiente.

Pasó a Fórmula 3 con el equipo de Alan Docking, finalizando la temporada en cuarto lugar, lo que llamó la atención de Norbert Haug, director de competición de Mercedes. Tras probar el Mercedes GT, Haug quedó impresionado por las aptitudes y el resultado de Webber lo que le valió al australiano para pilotar un Mercedes en las 24 Horas de Le Mans. En 1999 sufrió dos graves accidentes (hay que recordar el de Sarthe) de los que salió, afortunadamente, indemne.

Por culpa de ellos, pasó el resto de la temporada lejos de los circuitos, pero Webber estaba decidido a ser piloto y en 2000, de la mano de su compatriota Paul Stoddart, tomó parte en la campaña internacional de F3000. Aunque quedó tercero en la general, superado por Nicolas Minassian y Bruno Junqueira, ganador del campeonato, obtuvo una victoria en Silverstone. Esta buena actuación le sirvió para firmar por Benetton como piloto de pruebas, aunque sin abandonar su participación en F3000. En 2001 se impuso en las pruebas de Imola, Mónaco y Magny-Cours, aunque no pudo evitar que el campeonato fuera a parar a manos del británico Justin Wilson.

La temporada 2002 Paul Stoddart confiaba en él para pilotar el segundo Minardi Asiatech en el campeonato del Mundo de Fórmula Uno, con lo que hacía realidad su sueño. Y lo cierto es que su debut no pudo ser mejor. Webber completó su primera carrera en la F1 con un brillante quinto puesto al volante del PS02 y ante sus compatriotas australianos. La carrera fue realmente inolvidable para Mark.

Sin embargo, esos fueron los primeros y también los únicos puntos que Webber pudo sumar a lo largo de la temporada. De todas formas, actuaciones como las que completó en Mónaco no pasaron desapercibidas y los responsables de Jaguar Racing decidieron firmarlo para el 2003.

Mark completó una destacadísima primera temporada en el equipo de Milton Keynes, donde sumó 17 de los 18 puntos que Jaguar Racing cosechó en el Campeonato. Sus actuaciones a lo largo de la campaña 2003 lo colocaban como uno de los futuribles para los 'grandes equipos'.

A pesar de todo, el australiano tenía un año más de contrato con Jaguar y esperaba mucho del 2004, pero tristemente no fue una buena campaña ni para Webber ni para Jaguar. El equipo era puesto a la venta mediada la temporada y el Jaguar R5 no respondió tal y como se esperaba en el equipo. Sin embargo, Webber hizo un gran trabajo durante gran parte del Campeonato, sobre todo en la sesiones de calificación. En el GP de Malasia, Mark Webber brilló situándose en segunda posición de la parrilla junto a Michael Schumacher, pero tal y como pasó a lo largo de toda la temporada, rápidamente se quedó sin opciones en carrera.

El piloto australiano puntuó en cuatro ocasiones en el 2004 sumando un total de siete puntos. Pero a pesar de estos pobres resultados, Mark consiguió ganarse la confianza de BMW Williams, que lo fichaba para la temporada 2005.

Frank Williams hacía tiempo que seguía al australiano, así que tampoco fue una gran sorpresa que se convirtiera en el nuevo compañero de Nick Heidfeld en la escudería de Grove. La oportunidad era fantástica para Mark, pero 19 carreras más tarde, el australiano había completado otra decepcionante temporada. Webber había vuelto a mostrar un nivel fantástico en las sesiones de calificación, pero nuevamente dejaba escapar sus opciones y normalmente también los puntos en las carreras. Su compañero Heidfeld se mostró algo más consistente y Webber tuvo que conformarse con una única presencia en el podio - el primero que consigue en la F1 - en el GP de Mónaco. Décimo en la clasificación del Campeonato del Mundo 2005.

Webber continuó un año más en Williams, pero en la temporada 2006 se encontró un nuevo y joven compañero, Nico Rosberg. Webber se impuso con cierta regularidad al rookie alemán, pero su temporada volvió a ser frustrante al volante de un escasamente competitivo Williams Cosworth. Mediada la temporada, Webber anunciaba su fichaje por el equipo Red Bull Racing para el 2007. El australiano concluía el Campeonato en una más que discreta 14ª posición.

Con David Coulthard como nuevo compañero en Red Bull Renault, Webber mostró sus cualidades en determinados momentos de la temporada y consiguió subir al podio en Nurburgring. Sin embargo, el RB3 fue un coche muy poco fiable y carrera tras carrera los problemas hidráulicos afectaron al piloto australiano. Webber sumó diez puntos a lo largo de la temporada y finalizó el Campeonato en 12ª posición. En 2008 continúa en Red Bull.