Mark Webber se convirtió en el primer piloto australiano que participaba en el Campeonato del Mundo de Fórmula Uno desde David Brabham en 1994 y debutó en los grandes premios ante su público en el Albert Park de Melbourne en 2002.

Con 18 años, Webber dejó Australia a finales de 1995 después de competir en karting y en la Fórmula Ford Australiana. Tuvo un impresionante debut internacional, ya que quedó tercero en el Fórmula Ford Festival de 1995 en Brands Hatch, lo que hizo que el famoso equipo Van Diemen Formula Ford le contratara para el Campeonato británico de 1996. Webber acabó segundo en el campeonato y logró una dominante victoria en el Formula Ford Festival de 1996.

Tras su éxito en la Fórmula Ford británica, pasó a Fórmula 3 en 1997 con el equipo de Alan Docking. Acabó la temporada en cuarto lugar a pesar de luchan con problemas de presupuesto y casi verse obligado a abandonar a mitad de temporada cuando se quedó sin fondos.

Sin embargo, su compatriota y leyenda del rugby David Campese llegó al rescate y financió personalmente las siguientes carreras de Webber, que siguió logrando buenos resultados. Poco tiempo después, sus buenas actuaciones llamaron la atención de Norbert Haug, director de competición de Mercedes, que invitó a Webber a probar para el equipo Mercedes AMG sportscar.

El test fue un éxito y Webber firmó con el equipo para competir en el Campeonato FIA GT de 1998, con el expiloto de F1 Bernd Schneider como compañero. La temporada 1998 fue memorable, con un gran programa de pruebas y un campeonato con diez carreras que llevaron a Webber a Estados Unidos, Japón y Europa. La combinación Webber/Schneider consiguió cinco victorias, pero se vio superada por sus compañeros Klaus Ludwig y Ricardo Zonta.

Webber consiguió su propio coche en 1999, pero su amor por los deportivos terminó prematuramente cuando se vio envuelto en dos espectaculares accidentes en las 24 Horas de Le Mans de 1999. Un posible fallo aerodinámico en el diseño del Mercedes hizo que Webber y su compañero Peter Dumbreck dieran una voltereta, lo que obligó a Mercedes a retirar el coche que quedaba en la carrera y al final de la campaña de 1999.

De hecho, aunque pasó el resto de la temporada lejos de los circuitos, Webber estaba decidido a poner de nuevo en marcha su carrera en los monoplazas la temporada siguiente. Empezó a trabajar para conseguir un puesto en el campeonato internacional de Formula 3000 de con el nuevo equipo European Formula Racing de Paul Stoddart después de que se lo presentara el entonces propietario de equipo de F1, Eddie Jordan.

En 2000 Webber tomó parte en la campaña internacional de F3000. Llevó al equipo EFR a nuevas alturas con una victoria en la segunda prueba del campeonato en Silverstone y se situó líder del campeonato. Terminaría la temporada tercero en la general, superado por Bruno Junqueira y Nicolas Minassian.

Esta buena actuación le valió el interés de Benetton y, en septiembre de 2000, completó con éxito tres días de pruebas para el equipo en Estoril, lo que llevó al equipo a firmar un contrato de larga duración con Webber y, para la temporada 2001 compitió para Benetton con Super Nova Racing en Formula 3000, además de ser piloto de pruebas y reserva para el equipo de F1.

En 2001 se impuso en las pruebas de Imola, Mónaco y Magny-Cours, terminando segundo en la F3000 mientras probaba para Benetton. Webber completó su largo camino hacia la F1 en 2002, cuando se unió al equipo Minardi. En su debut ante sus fans de casa, Webber llevó el PS02 a la quinta posición y logró dos puntos. Sin embargo, esos fueron los primeros y también los únicos puntos que Webber pudo sumar a lo largo de la temporada. De todas formas, sus actuaciones no pasaron desapercibidas y los responsables de Jaguar Racing decidieron contratarlo como compañero de Antonio Pizzonia la temporada siguiente.

Mark completó una destacadísima primera temporada en el equipo de Milton Keynes, donde sumó 17 de los 18 puntos que Jaguar Racing cosechó en el Campeonato, pero 2004 no fue un buen año. El equipo era puesto a la venta mediada la temporada y el Jaguar R5 no respondió tal y como se esperaba en el equipo. Sin embargo, Webber hizo un gran trabajo durante gran parte del Campeonato, sobre todo en la sesiones de calificación. En el GP de Malasia, Mark Webber brilló situándose en segunda posición de la parrilla junto a Michael Schumacher, pero tal y como pasó a lo largo de toda la temporada, rápidamente se quedó sin opciones en carrera.

Frank Williams hacía tiempo que seguía al australiano, así que tampoco fue una gran sorpresa que se convirtiera en el nuevo compañero de Nick Heidfeld en la escudería con motor BMW en 2005. El australiano soportó otra temporada difícil y, aunque se mostró sensacional en calificación, muchas veces no conseguía puntos cuando realmente contaba. Su compañero Nick Heidfeld fue mucho más constante y Webber solo logró un podio, el primero, en el Gran Premio de Mónaco, terminando décimo en la clasificación general.

Webber continuó un año más en Williams, pero en la temporada 2006 se encontró un nuevo y joven compañero, Nico Rosberg. Webber se impuso con cierta regularidad al rookie alemán, pero su temporada volvió a ser frustrante al volante de un escasamente competitivo Williams Cosworth. Mediada la temporada, Webber anunciaba su fichaje por el equipo Red Bull Racing para el 2007. El australiano concluía el Campeonato en una más que discreta 14ª posición.

Con David Coulthard como nuevo compañero en Red Bull Renault, Webber mostró sus cualidades en determinados momentos de la temporada y consiguió subir al podio en Nurburgring. Sin embargo, el RB3 fue un coche muy poco fiable y carrera tras carrera los problemas hidráulicos afectaron al piloto australiano. Webber sumó diez puntos a lo largo de la temporada y finalizó el Campeonato en 12ª posición. En 2008 continuó en Red Bull y dominó a su compañero Coulthard terminando con 21 puntos y la 11ª posición.

Ahora veterano de la Fórmula Uno, Webber se enfrenta a un difícil reto en Red Bull Renault en 2009, ya que Sebastian Vettel llega al equipo desde Toro Rosso Ferrari.