Ahora piloto veterano, tras más de 200 grandes premios, Giancarlo dio sus primeros pasos como piloto en el mundo de los karts antes de llegar al equipo Formula Alfa Boxer, en 1991. A continuación compitió tres temporadas en el Campeonato Italiano de F3 con el RC Motorsport. En el 93 ya fue uno de los pilotos más destacados de la categoría y en el 94 se hizo con el título, el mismo año en el que se impuso en la carrera de Mónaco de la F3 y en el que fue uno de los dos pilotos invitados de la carrera internacional de Macao.

Su paso por el Campeonato Internacional de Turismos como piloto del equipo Alfa Romeo en el 95 y el 96 no lo separó definitivamente del que al final sería su destino, la Fórmula Uno, y el piloto italiano debutó en la máxima categoría en 1996 con el equipo Minardi.

Fisichella firmó por el equipo Jordan en 1997, con el que consiguió un segundo puesto en el GP de Bélgica y lideró el GP de Alemania hasta que unos problemas mecánicos lo dejaron fuera de carrera. Acabó aquella temporada en la octava posición de la clasificación del Mundial y en el 98 fichó por el equipo Benetton, donde la primera pole position de su carrera, alcanzó dos segundos puestos.

El italiano se perfilaba como una de las grandes promesas de la Fórmula Uno, pero la temporada 1999 no fue tan buena como se esperaba. Acabó el año nuevamente en la novena posición, pero con tan solo 13 puntos sumados. El 2000 debía devolverle a los primeros puestos de la clasificación, pero tampoco fue un buen año. En 2001 tuvo como compañero a Jenson Button, pero fue otra temporada difícil en la que terminó 11º en la clasificación.

En 2002, después de una temporada más bien discreta del italiano, Fisichella intercambiaba equipo con Jarno Trulli y volvía a Jordan, donde compartiría equipo con la joven estrella japonesa, Takuma Sato. Tampoco fue la temporada que esperaba y cuando terminó el año con el Gran Premio de Japón en octubre, Fisichella solo tenía siete puntos. 2003 no sería mucho mejor, a pesar de que ganó su primer gran premio gracias a una afortunada victoria en Interlagos cuando la carrera se canceló mientras él estaba en cabeza. En 2004, a Fisichella le esperaba un nuevo reto en Sauber.

Puede que la 11ª posición con Sauber no fuera un resultado de ensueño para Fisichella en 2004, pero nueve carreras en los puntos era un resultado bastante bueno. El problema de la temporada de Fisichella fue la incapacidad del equipo de hacer que el C23 con neumáticos Bridgestone funcionara bien en calificación. Por tanto, Fisichella solía salir desde posiciones de parrilla retrasadas, por lo que optaba por ir cargado de combustible y ganar posiciones en los últimos compases de la carrera. No era muy emocionante, pero le funcionó bien.

Sin embargo, sí que sirvió para que Flavio Briatore optara por recuperarle para Renault en el 2005 firmándole al italiano un contrato por dos años. La temporada empezaba de una forma inmejorable para Fisico, que se hacía con la pole y la victoria en Australia, pero lamentablemente para el piloto romano ése sería su primer y último triunfo de un año que acabó siendo duro para él. Mientras su compañero Fernando Alonso se adjudicaba el título mundial de pilotos y Renault el de constructores, Fisichella sólo era capaz de subir dos veces más al podio tras su victoria en Melbourne.

Fisichella necesitaba demostrar en 2006 que podía estar a la altura de su compañero Alonso, pero nuevamente fracasó en el intento a pesar de que consiguió una victoria a principios de temporada en Malasia. Alonso volvió a luchar y conquistó el título mundial, mientras Fisichella era incapaz de igualar a su compañero. El cuarto puesto final en el Campeonato no fue un buen resultado para Fisico, pero con la marcha de Alonso a McLaren, Flavio Briatore le renovaba un año más su contrato para 2007.

Más de lo mismo para Fisichella en 2007 aunque el R27 de Renault no fuera tan competitivo como sus predecesores. El italiano, ahora un veterano en el deporte, empezaba la temporada bastante bien, pero en la segunda mitad del año solo consiguió un punto, mientras Kovalainen se colocaba habitualmente entre los ocho primeros.

Deseoso de demostrar que aún tenía mucho que ofrecer, Fisichella pasó a Force India en 2008 y, aunque no tenía posibilidad de puntuar, el italiano mejoró gracias a la poca presión y logró los mejores resultados del equipo. Seguirá con Force India en 2009 e intentará mantenerse por delante de su joven compañero Adrian Sutil.