Con los campeonatos de Pilotos y Constructores de 1999 totalmente abiertos, el primer Gran Premio de Malasia prometía ser emocionante y de alta tensión. Cuatro pilotos tenían la oportunidad de conseguir el título de constructores, con 14 puntos de diferencia entre el primero y el cuarto.

En la penúltima prueba de la temporada 1999 los pilotos competían por primera vez en Sepang, aunque Malasia tenía ya experiencia en la competición de motor. El primer Gran Premio se había celebrado en 1991 en Shah Alam, para motos, y el año anterior el nuevo circuito había celebrado en abril, su primera carrera importante, también de motos.

El circuito de Sepang, de 5,542 km, está situado cerca del nuevo aeropuerto internacional de Kuala Lumpur y en ese momento se consideraba uno de los complejos automovilísticos más modernos del mundo.

La primera prueba suponía el regreso de Michael Schumacher después de su accidente en Silverstone unos meses antes. El alemán estaba en plena forma y pronto se lo demostró a todos. Lideró la carrera con facilidad antes de cederle la victoria a su compañero en Ferrari, Eddie Irving, para ayudar al irlandés en su lucha por el campeonato.

En 2000 fue la última prueba de la temporada y se convirtió en el escenario de otra victoria de Ferrari. Schumacher ganó la prueba con facilidad tras haberse hecho con el título de pilotos en la prueba anterior. Ese último éxito de la temporada permitió a Ferrari ganar su segundo título consecutivo de constructores.

La prueba de Malasia pasó a celebrarse a primeros de la temporada, después de Australia, en 2001. Como resultado, el país celebró dos eventos en seis meses y las cifras de público no fueron tan altas como se esperaba. Schumacher ganó por segundo año consecutivo, pero en 2002 fue su hermano pequeño Ralf el que se hizo con la victoria para BMW Williams en la única carrera que ganó esa temporada.

En 2003 Kimi Räikkönen consiguió su primera victoria en un Gran Premio, por delante de Rubens Barrichello y Fernando Alonso. Michael Schumacher fue penalizado debido a un incidente con Jarno Trulli en la primera vuelta de la carrera. El alemán acabó en sexta posición.

Michael Schumacher volvía a la senda ganadora en la carrera del 2004 y obtenía su tercer triunfo en seis años en Sepang por delante del BMW Williams de Juan Pablo Montoya, que concluyó segundo a tan solo cinco segundos del alemán. El piloto español Fernando Alonso se imponía en la carrera de 2005 para Renault por delante de su amigo y rival de Toyota, Jarno Trulli.

Giancarlo Fisichella logró en el GP de Malasia 2006 su única victoria de la temporada. El triunfo del piloto italiano llegó después de que su compañero en Renault, Fernando Alonso, tuviera problemas de repostaje en la sesión de calificación. Sin embargo, el Campeón del Mundo se recuperó en carrera y consiguió finalizar segundo, lo que le permitió a Renault celebrar un excelente doblete por delante del Honda de Jenson Button.

Alonso contraatacaba a bordo del McLaren en 2007 con una dominante victoria sobre su compañero Lewis Hamilton, mientras Kimi Räikkönen se lo tomaba con calma y terminaba en una cómoda tercera posición.

Felipe Massa iba líder por delante de Räikkönen en lo que parecía que iba a ser un doblete de Ferrari hasta la primera ronda de paradas en 2008. Räikkönen adelantó a su compañero y se despegó de Massa, que después hizo un trompo y tuvo que retirarse por segunda vez consecutiva esa temporada. Robert Kubica terminó segundo para BMW Sauber, por delante de Heikki Kovalainen en el primer McLaren.